rna转录一开始，单细胞测序便发展的一发而不可收拾，逐步开拓出属于自己的一片天空。
rna转录和加工的调控直接影响蛋白质合成。而蛋白质通过介导细胞功能来形成细胞的表型。rna失调是某些疾病和癌症的病因。rna测序可提供rna分子的丰度和序列信息。通过，优化样本制备方案和对结果进行缜密分析，可以为rna加工和转录调控的各个方面提供有价值的见解。这些信息包括：翻译后修饰、rna剪接、rna与rna结合蛋白（rbp）的结合、不同阶段的rna表达情况、独特的rna异构体、rna降解和其他种类rna的调控。研究rna转录和翻译，能够更好地了解rna的产生、加工和调控对细胞表型的影响。
rna—蛋白质相互作用
rna—蛋白质相互作用涉及读取在多种转录后过程（包括基因表达、选择性剪接、rna输出和定位、rna稳定性和翻译）中被rbp占据的rna序列。rbp参与多种疾病，例如神经障碍或癌症。rna结合能力的失调可能导致细胞水平甚至有机体水平上的致命后果。
rna修饰
rna修饰提供转录组的另一个水平的调控。这些修饰发生在翻译后作用于rna链上。这些改变可能发生在mrna、lncrna或ncrna之中。修饰包括m5a和m6a的甲基化以及假尿苷改变。多种人类疾病涉及m6a的修饰，例如阿茨海默病、帕金森病和肥胖症。但是，不同于可逆的m6a修饰，假尿苷修饰是不可逆的，有可能具备翻译中无义密码子至有义密码子转换的调控因子的功能。
rna结构
irna具有形成促进或抑制rna—蛋白质或蛋白质—蛋白质相互作用的二级结构的能力。最多变的二级和三级结构存在于trna中，被认为在调控蛋白翻译过程中起着主要作用。rna结构首先是在嗜热四膜虫（tetrahymenathermophilia）中用x射线晶体学研究的，但这些传统研究方法繁琐且受限。测序不仅能提供二级结构方面的信息，还能在大量的样本中去确定点突变对rna结构的影响。最近的研究表明，测序是鉴定rna结构及确定其重要性的强大工具。
低水平rna检测
低水平rna检测指在游离细胞环境中检测罕见的rna分子（如循环肿瘤rna）或单细胞中rna表达谱。组织由多种不同类型的细胞构成，每种类型的细胞各具有差异巨大的一组功能。即使在单个细胞类型内，转录组也是呈现高度动态变化，反映了其在时间、
空间和依赖于细胞周期的改变。细胞的收集、处理和涉及灵敏度方面的技术问题和扩增偏向性等引入了其它层次的复杂性。要解决这一多层次的复杂性，我们需要分析成千上万个细胞。使用独特标签序列可极大地增加可多标签并混合测序的样本数量，而每个样本所得的read没有或几乎没有减少。最近在细胞捕获和样本制备方法上的改进可更快地以更低成本来获得更多信息。这些改进有望扩展我们对细胞功能最基本的理解，对于基础研究和人类健康相关研究都具有重要意义。